Chế độ ăn keto giúp giảm cân nhanh nhưng về lâu dài có thể làm cholesterol tăng đột biến, rối loạn hệ vi sinh đường ruột và giảm khả năng dung nạp glucose.

Chế độ ăn keto có hàm lượng chất xơ thấp, lượng chất béo nạp vào cao, bởi vậy, táo bón trong chế độ ăn keto là một tác dụng phụ phổ biến.